国鉄時代に客貨両用の汎用機として製造されたEF65PF形も JR化後は所属区により顕著な違いが見られるようになりました
下関総合車両所のEF65PF形は 塗装に特徴のあるつらら切り・貫通扉・重連総括用ジャンパ栓受けに加え 床下のグレー化・テールライトの白濁タイプクリアレンズ化などが行われました
さらに車両情報システム（Ris-e）の導入により検修管理が行われるようになり 検査表記付近にはバーコード表記が追加されています
客車列車の衰退により定期運用は持たない下関のEF65PF形ですが 団臨運用を中心に活躍しており 1133号機は24系『特別なトワイライトエクスプレス』や『サロンカーあさかぜ』なども牽引しました